1) глобальный - составить словарь, и менять слова по списку. возможно, такой даже где-то существует готовый. в любом случае, это будет более продуктивно, чем в каждой книге это делать руками - но долго собирать первоначальный словарь.
2) оптимизация вашего метода - сделать скрипт, который ищет только гласные буквы с двумя...
Cпособы расстановки ударений: собираем словарь